En el incio de la peli vemos al monolito en la tierra, justo en los inicios de la vida. Esto ya quiere decirnos algo...
Posteriormente, y miles de años despues aparece la luna, donde se ha encontrado un monolito negro, grande, que emite señales, es magnético y no puede ser estudiado. Nadie lograba saber de que estaba compuesto o quien lo había depositado allí.
La siguiente parte de la peli trata de la misión Jupiter. Ahí es donde entra en escena HAL9000 (el ordenador) y toda la tripulación. El objetivo de la misión es explorar más alla de Jupiper, o al menos eso creen los tripulantes, salvo HAL9000, que si sabe el fin de la misión. El problema es que tiene ordenes de no contarselo a los tripulantes y tiene problemas para llevar a cabo su misión sin compartir su información. Digamos que esto le vuelve "loco".
La tripulación comienza a indagar sobre el auténtico fin de la misión y su relación con el descubrimiento del monolito en la luna. HAL ve amenazada la misión e intenta evitar el fracaso de la misma. Para lograrlo comienza a simular fallos en la nave e incluso a matar a tripulantes... hasta que finalmente Dave lo desconecta.
El tercer acto de la peli trata del monolito y Dave. Este se encuentra en el espacio en una cápsula tras haber desconectado a HAL. En ese momento ocurre algo misterioso y entra dentro del monolito. Es una ida de pinza de Kubrick que ni el mismo sabe como explicar. Digamos que el monolito "crea" la vida. Dave pasa a ser un ser superior, evoluciona. HAL9000 se queda donde está.