Ambos son muy laboriosos, pero el 3D implica un mayor numero de procesos para conseguir la animacion.
Realmente la animacion 2D no es mas que un dibujo moviendose sobre un fondo. Tiene muchisimo trabajo y se puede ser increiblemente tecnico, pero la base es esa.
Para un animacion 3D tienes que modelar el personaje, mapearlo, texturizarlo, asignar materiales, crear un esqueleto, hacer el rigging (asignar los huesos al modelo y ajustar pesos, asi como crear los controles para la animacion facial) y finalmente empezar a animar.
Si hablamos puramente de la animacion, el 2D implica mas labor porque mover un personaje 3D es bastante mas simple y no hay que dibujar cada fotograma (aunque en el 2D tampoco se hace cada fotograma, se suele hacer bastante blending), pero cuando tenemos en cuenta todo lo que hay que hacer para llegar a animar el personaje, diria que el 3D tiene mas pasos intermedios. Concretamente el rigging me parece lo mas complejo y laborioso.
No creo que realmente se pueda comparar el trabajo, ambos son animacion, ambos son un medio genial para contar historias y ambos dan resultados increibles, pero son estilos muy distintos de trabajo.