El jugador finalizaba su contrato con la Real Sociedad el 30 de junio de 2005. Club y jugador no llegaron a un entendimiento para prorrogar el contrato de mutuo acuerdo; pero el club txuri urdin ejecutó una cláusula de ampliación estipulada en el contrato que permitía al club prorrogar unilateralmente la vinculación del jugador por una temporada más.[1] Tras fracasar las negociaciones, Zubiaurre (según sus propias declaraciones) habría recibido supuestamente la promesa de Roberto Olabe, director deportivo de la Real, de que el club no se opondría a su marcha; y entonces negoció su fichaje con el Athletic Club, con el que la Real Sociedad mantiene la mayor rivalidad. Todo esto se desarrolló pocos días antes de que la directiva y dirección técnica de la Real (incluido Olabe) abandonaran el club sustituidos por una nueva directiva, que debía ser elegida el 30 de junio, el mismo día que finalizaba el contrato de Zubiaurre.
El día 30 de junio, horas antes de las elecciones a la presidencia de la Real Sociedad, en las que saldría elegido Miguel Fuentes Azpiroz, saltaba la noticia de que el Athletic Club iba a presentar al día siguiente a Zubiaurre como nuevo fichaje.
Al día siguiente Zubiaurre era presentado oficialmente como uno de los fichajes del Athletic Club. Jugador y clubes se encontraron a partir de entonces en un proceso judicial para solucionar el problema; los juzgados desestimaron en primera instancia la demanda de despido presentada por Iban Zubiaurre contra su club. La Real Sociedad se remitía a la cláusula de rescisión de 30 millones de euros, mientras el Athletic Club condicionaba la incorporación definitiva de Zubiaurre a que éste llegase sin coste de traspaso alguno. La Cultural de Durango, de Segunda división B, pidió a la Real Sociedad que Ibán jugara con ellos hasta que se solucionara el conflicto, petición que fue denegada por el equipo txuriurdin hasta que se llegara a un acuerdo entre las tres partes: Real Sociedad, Athletic Club e Iban Zubiaurre. Ello hizo que Zubiaurre permaneciera sin jugar toda la temporada 2005-06, hasta que el juicio se resolviera en los tribunales.
Tras varios juicios, el Tribunal Superior de Justicia del País Vasco dictaminó en el mes de octubre de 2006 que el jugador debía pagar 5 millones como cláusula de rescisión a la Real Sociedad, declarando al Athletic Club como responsable subsidiario. Aunque los 5 millones quedan muy lejos de los 30 que pedía el club donostiarra, han convertido a Zubiaurre en uno de los fichajes más caros de la historia del Athletic. Poco antes de salir la sentencia dimitió Fernando Lamikiz, presidente del Athletic Club, por su responsabilidad en el caso Zubiaurre.
Tanto el jugador como el Athletic Club presentaron un aval por esa cantidad y la LFP permitió la inscripción del jugador. Finalmente Zubiaurre fue presentado como jugador del Athletic Club el 16 de noviembre de 2006 en San Mamés. A pesar de formar parte desde entonces de la primera plantilla del Athletic y de poder volver a jugar al fútbol, durante las temporadas 2006-07 y 2007-08 la presencia de Zubiaurre en el equipo rojiblanco ha sido muy puntual. De hecho en esas dos temporadas solo ha llegado a jugar dos partidos de Liga.
El caso Zubiaurre siguió dirimiéndose en los tribunales, hasta que el 5 de junio de 2008 el Tribunal Supremo confirmó la sentencia y la cuantía de 5 millones de euros, desestimando las alegaciones que las tres partes habían presentado a la sentencia anterior. [2]
Se considera que el caso Zubiaurre ha sentado jurisprudencia, ya que si bien no declara ilegales las cláusulas de rescisión de los contratos futbolísticos, pone en tela de juicio su cuantía, dando potestad a los tribunales a reducir de cuantía de aquellas cláusulas que considere desproporcionadas o abusivas respecto a las condiciones contractuales del jugador. Se considera que puede llegar a ser un peligro para los clubes que realizan políticas de cantera, como paradójicamente el propio Athletic Club o la misma Real Sociedad
