Pufff, lo que pides es algo chungo, en el foro de arduino daban como idea montar un proxy a través del puerto USB, que no sea el arduino en sí el que mande comandos al ordenador, sino que sea el ordenador el que monitorice el estado del arduino y que cuando detecte un cambio lance un comando/programa: http://forum.arduino.cc/index.php?topic=38627.0
Otra idea que te puedo dar es, si tienes la shell para sacarle un ethernet al arduino, es que lo conectes como dispositivo de red, que hagas lo mismo que lo que te he mencionado antes (lo del proxy), pero a través de la red, en plan programar el arduino y hacer una aplicación cliente para el portatil que esté conectada y monitorizando el estado del arduino. Sea como sea, casi seguro que vas a tener que programar algo para que se ejecute en el portatil casi seguro, además de programar el arduino en sí.