Justo estoy interesándome por este tema últimamente, pero me cuesta crearme una opinión fiable.
Por un lado en principio es todo maravilloso con phonegap o titanium appcelerator, pero luego resulta que hay que hacer algunos edits para según cosas en según que sistemas, es decir programas una sola vez todo pero ciertos detallitos hay que matizarlos según el sistema.
En principio parece mas comodo aprender html5 + js + css3, que cada dia gana mas y mas terreno y te sirve para mas cosas.
Por otro lado, veo opiniones que dicen que no esta lo optimizado que debería y algunas aplicaciones hechas así con phonegap dan problemas en iOS porque no van lo finísimas que deberían o algo así (de iOS no tengo la mas mínima idea, puedo estar colándome mucho) pero era algo así como que el market no aceptaba algunas de las apps echas de esta manera.
Por otro lado phonegap a pelo es un poco lioso al principio, tienes que ponerte el sdk de cada sistema para el que quieras sacar la aplicación. Ahora hay el phonegap build o algo así, que va en la nube y le mandas el proyecto en phonegap sencillo y el mismo se encarga de empaquetar para cada sistema.
A ver si alguien nos arroja un poco de luz, el debate app nativas vs estos frameworks esta ahi.