La mayoría de la gente usa Express, aunque para mucha gente es demasiado "Low Level" y para muchos que vengan de RoR, Django, Symfony ... etc se pueden encontrar perdidos con la falta de convenciones.
De ahí la gracia de Kraken que añade convenciones y ciertas utilidades que alomejor se echan de menos en Express...
Y hace poco anunciaron Koa, de los creadores de Express que tiene muy buena pinta, usa los Generators que aparecerán la próxima especificación de JS ( ES6 ) y ayuda a evitar el Callback Hell ( Callbacks enlazadas ) que suelen ser bastante comunes en las aplicaciones de Node y js cliente...