Utilizándose en ambos casos h.264, ¿hay alguna diferencia en el tamaño del video si se usa .mov o .mp4?
Qué interesantes sois todos en este post :palm:
#1 Dado que .mp4 y .mov son contenedores y ambos en ambos puedes meter h.264/aac de haber diferencias de tamaño serían mínimas o nulas.
La única diferencia creo que era la información que se puede almacenar en los tags, siendo mp4 algo más personalizable y flexible.
Si hay algún guru del vídeo por aquí que lo puede dejar más claro sería de agradecer.
He hecho una pequeña prueba exportando un pequeño vídeo a mismo bitrate en h.264/aac, primero en .mp4 y luego en .mov sacando esto:
mp4 --> 2.637.824 bytes
mov --> 2.633.728 bytes
Vaya, eso sí que ha sido una respuesta interesante, gracias 
Y al resto tambien. 
Comentas que en principio no hay grandes diferencias entre ellos y cada vez te doy más la razón porque estoy buscando test y afirman lo que dices, además del ejemplo que me acabas de poner. En ese caso algo estaré haciendo mal. Me explico.
Estoy trabajando con videos capturados en .avi que superan los 10 minutos. Bien, comprimo a .mp4 con el H.264 y listo, buena calidad, y buen tamaño de fichero. Para esos 10 minutos me sale un .mp4 de 270 megas. Sin embargo, el otro día por Vimeo me quedé flipando con un video de 30 minutos, a 1280 x 720 que ocupaba 190 megas en formato .mov. Me quedé un poco mosqueado como con los 10 minutos en mi mp4 ocupaba 270 megas y en .mov 30 minutos tan solo 200.
Ahora ya por lo que comentas no me queda otra que pensar que estoy comprimiéndolo mal. :S Me he visto un cojón de tutoriales sobre el uso del MeGui para comprimir con H.264 pero me parecía super engorroso. Me decidí a buscar más y me topé con un programa muy fácil -Easy H.264- que facilitaba toda la labor. El mismo autor afirma que codifica usando h.264 pero viendo lo que comentaba antes ya no me lo parece tanto. ¿Es posible que sea el programa, por el que mis videos ocupan mas? Ah, olvidé decir que uso un bitrate de 3500, tampoco muy alto la verdad...
Bueno, espero más sugerencias, gracias 
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#7 nunca intentes comparar 2 vídeos porque cada uno es un mundo.
El mayor factor del que depende el tamaño final del archivo suele ser del bitrate de la pista de vídeo, el audio podemos despreciarlo, salvo que hayas dejado un raw sin darte cuenta xD. Lo que te recomiendo, aunque puede ser una lata es codificar pequeños trozos de vídeo, a diferentes bitrates, desde por ejemplo 1000 kbps a los 3500 kbps que estás usando tú y así comparar calidades.
Lo único que te puedo dejar más o menos claro, que a ser posible escojas un bitrate fijo y un solo pase de codificación,ya que con el segundo no ganas casi nada, y los bitrates variables suelen dar bastantes problemas.
Además de eso, tienes diferentes parámetros de codificación, como el perfil de calidad, a mayor calidad mayor tiempo de codificación, pero mejores resultados.
Nice, hoy me pondré hacer pruebas de las que dices. Voy a usar Camtasia Studio, por el tema de personalizar la codificación. Si me recomiendas otro coméntamelo.
Respecto al post, un .mp4 puedes reproducirlo sin necesidad de QuickTime.
Interesante este artículo:
· http://www.differencebetween.net/technology/difference-between-mov-and-mp4/
