Sencillamente no puedes hacer relaciones ternarias. Tu modelo es imposible de normalizar. Yo recuerdo ejercicios de la uni de normalizar la base de datos, para ello debes hacer entre otras cosas asegurarte que todas las relaciones sean binarias, tengan clave primaria, etc ..., por eso el workbench no permite hacer las cosas mal.
Por ejemplo para modelar np correctamente, es decir, un varios a varios a varios. tendrías que hacer esto:
Tienes 3 entidades: a, b y c
Creas 3 relaciones binarias: a-b, a-c y b-c
Las 3 tablas binarias tendrán 2 campos cada una, con el valor de la clave primaria de las 2 tablas que relaciona.
Ya esta con ese modelado puedes hacer inner join, outer join entre las 6 tablas ... y tendrás una tabla con los resultados unidos todo en 1.
Edit:
Evidentemente una relación ternaria es más intuitiva y da más información y recuerdo que nuestro profesor nos decía que no las usáramos, el motivo tendría que mirar los apuntes pero sin acordarme ... Imagina que estas haciendo productos cruzados con muchas tablas, en el momento que necesites usar la relación que hay entre 2 de las 3 entidades, ya necesariamente debes cruzar las 3 y por tanto es menos eficiente al cruzar tablas innecesarias. Al tener 3 relaciones binarias, seleccionas las que necesites. Recuerdo tambien que había problemas al implementar la herencia en el modelo E-R.