Como va usar foundation para facilitar el diseño?
Es un framework CSS más, tipo Bootstrap, menos conocido que este último. ¿Facilita las cosas? sí. También mete mucho css que no usarás.
Que tal funciona el PHP y conexión con base de datos?
Esto no tiene que ver con phonenap, es cosa del backend.
Css3 o Sass? Sass
la instalación sigue siendo imprescindible usar node.js tanto para Ionic como para Phonegap?
Los CLIs de ambas herramientas se instalan a través de NPM, así que sí, tienes que tener instalado Node.
Rendimiento de transiciones CSS y animaciones de botones etc?
Menor que nativo, pero aceptable para aplicaciones normaluchas. En móviles malos se nota más que va peor.
La misma app para movil me sirve para Desktop, es decir, ciertas funcionalidades como acceder a la localización funcionarían tambien en la versión desktop?
Si con desktop te refieres a tener la aplicación en un servidor web y acceder con el navegador, sí, te sirve, pero las APIs de phonegap no estarán disponibles. En el caso de la localización que dices, no tendrías problema ya que HTML tiene una api de geolocalización.
Es necesario pillar algún servidor en concreto que aguante angular.js, node.js etc ?
Si tu backend está en Node sí. Para hostear un cliente angular un servidor normal de ficheros estáticos te sirve (tendrás que configurar tu backend para aceptar peticiones de otro dominio, si es el caso).
PD: acabo de ver que Phonegap tiene una versión nueva que no necesita Node.