Hombre, yo en mi vida he realizado nada de vídeo y poner los subtítulos con el VirtualDub no me costó absolutamente nada.
Busqué en google y los tutoriales te dicen paso a paso como hacerlo, que no fue más que ir a una opción, indicarle el archivo SRT y volver a guardar el vídeo.
Edit: Eso si, era un .avi no se si el VirtualDub te abrirá el mp4, si no, puede que el VirtalDubMod si lo haga, a mime abría un tipo de archivo que el VirtualDub no reconocía.
PD: Es poner "incrustar subtitulos en video" (parte del título del post) en google y ya salen resultados explicándolo.