¿Se pueden ver todos los ficheros de una web?

Es mejor que accedas al fichero a traves del classloader, como un classpath resource

Ahora te pongo como, si estas utilizando Spring también puedes hacerlo con el ResourceLoader, que te carga Resources (InputStream) ya sean ficheros o urls
Con la siguiente ruta : "classpath:META-INF/config.xml"

Para hacerlo tu mismo:

para cojer el classloader:

public static ClassLoader getDefaultClassLoader() {
		ClassLoader cl = null;
		try {
			cl = Thread.currentThread().getContextClassLoader();
		}
		catch (Throwable ex) {
			// Cannot access thread context ClassLoader - falling back to system class loader...
		}
		if (cl == null) {
			// No thread context class loader -> use class loader of this class.
			cl = this.getClass().getClassLoader();
		}
		return cl;
	}

y luego con el classloader

InputStream is =getDefaultClassLoader().getResourceAsStream("META-INF/file.xml");

Utilizando Spring tienes que hacer esto.

public class ClaseQueConfigura implements ResourceLoaderAware {

private ResourceLoader resourceLoader;

@Override
public void setResourceLoader(ResourceLoader resourceLoader) {
    this.resourceLoader = resourceLoader;
}

private InputStream myFicheroXml;

public InputStream getFicheroXmlBonito() {
   if (myFicheroXml == null) {
      myFicheroXml = resourceLoader.getResource("classpath:META-INF/file.xml");
   } 
   return myFicheroXml;
   }
}

Porque el recurso al que intentas acceder esta en el classpath, y para eso está el classloader

Si por ejemplo, empaquetas tu aplicación en un .war, lo que tu haces dejará de funcionar (bueno en realidad no porque lo desempaqueta solo...) pero vamos que... mejor utiliza el classloader que para eso está, para cargar recursos del classpath.

http://stackoverflow.com/questions/2308188/getresourceasstream-vs-fileinputstream