Las diferencias entre los modulos no tengo ni idea para que engañarte. Lo mejor será informarte en el instituto, porque cada uno da lo que le apetece en el orden en el que le apetece.
De hecho a mi me suena a lo mismo las dos cosas (tengo la ingenieria superior en informatica, un postgrado en seguridad y auditoría, otro en dirección y gestión de proyectos software), y estoy de aplicaciones web y multiplataforma hasta el cuello.
Se dará en alguno más diseño web que en otro?. Me refiero, a que en multiplataforma, podrán meterte un java, un php, un python.... en el otro tambien. No se si te refieres al módulo de sistemas o de programador de aplicaciones web. Lo mismo te enseñan a montar apaches, que tomcats, que vete tu a saber.
Mi consejo es que preguntes .
Si quieres puedes enviarme un privado
Un saludo