El tema es bastante complejo... No te puedo dar una guía exacta, pero espero poder guiarte un poco:
Si vienes de escribir guiones de cómic tienes una parte importante ya solucionada.
Hay ciertos programas que se encargan de "estructurar" el guión de un videojuego (seguramente alguien pueda explicarte mejor cuales son y como funcionan) pero al final, lo importante es que tengas claras las diferencias entre el comic y el videojuego.
Si la historia va a ser muy lineal o no, si la historia va a explicarse a través de dialogos o del escenario, voz en off o cinemática, etc... hay muchas posibilidades, hay juegos que tienen cientos de dialogos distintos, y dependiendo de si el protagonista ha pasado antes por ahí o no, los personajes le tratan de una manera u otra.
Tienes que valorar tu misma al alcance de todo eso, el tipo de historia, como se va a contar, las condiciones necesarias para que la historia avance, los diferentes lugares donde la historia transcurre... Además, tienes que tener en mente si el jugador puede/debe volver atrás a los lugares donde transcurrió la historia, o si por el contrario, una vez que avance "una fase" ya no podrá volver atrás...
Son MUUUUUUUUCHAS cosas a tener en cuenta para saber exactamente la estructura (o estructuras) que debe tener el guión.
