Duda sobre animación de sprites

Pues tienes dos opciones,

• Una es la que mencionas con dos capas independientes para piernas y brazos, así puedes usar la animación de movimiento de las piernas mientras solo cambias la de movimiento de brazos por la de ataque. La ventaja es que es más cómodo y menos trabajo hacerlo así y el inconveniente es que puede resultar más complejo que quede pulida la animación final al ser una mezcla de varias (que pueden no pegar del todo bien).
• La otra opción es crear una animación específica para atacar en movimiento que incluya todo el cuerpo, la ventaja es que quedará una animación más precisa y el inconveniente es que es más trabajo por tener que hacer más animaciones diferentes (para atacar estático, para atacar moviendote hacia adelante, para atacar moviendote hacia atrás, etc).

En tu caso, si no quieres hacer más animaciones lo normal sería hacer las dos capas, aunque todo depende del resultado que busques y de como esté hecho el sprite del personaje.