Instantiate, Destroy e Instantiate de nuevo

A ver, quieres decir que quieres que las habitaciones y sus elementos se queden tal cual estaban, no?

Es tan fácil como almacenar los datos de las habitaciones en una clase, incluyendo los bichos.

¿Cómo generas las habitaciones actualmente? Lo haría algo así yo:

public class Room
{
	public int width;
	public int height;
	public List<Enemy> Enemies;
}

public class Enemy
{
	public int health;
	public Vector3 lastPosition;
}

Y bueno, es tan simple como cuando salgas de la habitación se almacenen esos datos en la Room, y para cuando vuelvas a entrar los cargas y pim pam.

Si quieres te hago una demo para que veas como funciona!

#3 Si no te gusta repetir tanto el proceso de Instantiate/Destroy, puedes evitar el Destroy y simplemente desactivar la sala entera, cuando necesites verla otra vez actualizas la información y vuelves a activar los elementos de esa sala.

Derivación de un pool system ^^

#5 Si las desactivas chupa igual que si no estuvieran, básicamente! Además que el hecho de estar instanciando y destruyendo todo el tiempo acumula mucha basura en el motor, las técnicas de pooling están más que recomendadas.

No destruyas una habitación a la que vas a volver... no creo que valga la pena... igualmente, yo te recomendaría que si lo vas a hacer, todos los valores de las rooms y los enemigos los almacenases en un script anclado al nivel... y así puedes destruir y reinstanciar sin riesgos.

Creas variable, instancias en ella, modificas y pa'lante.

Pero vamos... que creo que en este caso, lo mejor sería no destruir para luego crear...

#2 Yo suelo ser un poco perro con estas cosas, ahora mismo estoy trabajando en 2D, y me ahorro una variable y le meto la salud a los enemigos en el 3er valor del vector3 ...

#9 Son los traumas de la carrera y los ejercicios de ensamblador que eran del estilo: "utiliza el menor número de variables y llamadas a memoria posibles"
Te volvías creativo... No tenías más remedio U_U