Buenas y felicidades a todos por el foro!
Me ha surgido un problema con los sprites del proyecto que estaba realizando.
El caso es que quería hacer un "build" para probarlo en el móvil y ver como iba quedando, pero cuando me di cuenta las texturas se jodieron.
A la izquierda como se ve en unity y a la derecha como es normal.
También mencionar que sólo me pasa con las imágenes png con transparencia.
Igual reinstalando el unity se arregla, es lo único que se me ocurre ya 
¿No hay manera de seleccionar la profundidad de buffer en el procesado de colores de las texturas?
Parece que estés trabajando en 16bits. Puede ser que haya un modo de "test" para hacer un run rápido? Necesitas 32bits RGB.
Take a look here: http://docs.unity3d.com/Documentation/Components/class-Texture2D.html
Vale, ya está. Igual que se jodió se arregló. Ésta vez hice el build para pc, mac y linux y se volvieron a modificar los colores a su forma original.
Gracias igualmente #2 por las molestias 