#554 A ver, tienes dos formas de hacerlo. La buena y correcta o la mala y fácil.
Lo fácil: Lo puedes hacer desde el proyecto principal simplemente comprobando desde donde estás ejecutando el juego. Esto se hace con:
if(Gdx.app.getType() == ApplicationType.Android)
La buena: Lo mejor es crear una interfaz común que implementen todas tus distinas plataformas. Esta interfaz contendrá un método por cada cosa que quieras hacer en concreto de una plataforma. Por ejemplo, puedes tener un método para ver si muestras el touchpad o no, otro para hacer el login de GameCenter/GooglePlay, otro para las compras in-app, etc.
Esta solución es la más robusta y la más óptima porque así cada cosa de cada plataforma está en su propio proyecto y no tienes un batiburrillo en el proyecto principal. Si quieres más info sobre esto aquí tienes un ejempo:
http://siondream.com/blog/games/abstracting-platform-specific-code-in-libgdx/
https://github.com/libgdx/libgdx/wiki/Interfacing-with-platform-specific-code
Si tienes cualquier duda sobre implementar esto pregunta, que yo lo tengo hecho y lo uso intensivamente para todo lo de Android/iOS.