tienes ke animarlo a base de keyframes. En el Premiere 7 han plagiado bastante del final cut asi ke mas o menos te voy a explicar.
Cuando tu metes un efecto, hay una ventanita donde controlas sus parametros. Ademas a la derecha hay un espacio que representa la linea de tiempo del clip al que le has aplicado el efecto,
En esa ventana tiene que haber algun boton que lo que haga sea introducir un "keyframe" en la posicion que tu desees.
Los keyframes es lo que se usa para animar el efecto que tu quieras.
Por ejemplo, si quisieras que la opacidad de una capa negra fuese aumentando durante 5 segundos y empezase en el fotograma 1 harias lo siguiente:
Pones un Keyframe en el fotograma 1 y pones la opacidad a 0
Te vas al fotograma que corresponde al segundo 5 y metes otro keyframe y pones la opaciidad a 100.
Ahora reproduces y veras como la opacidad va cambiando gradualmente. Tu le dices como y donde empieza el efecto y como y donde acaba.
Con eso ya deberias empezar a entender como funcionan los efectos en el premiere. Si tienes mas dudas postea