Te cuento como lo he hecho yo partiendo de un hd con win98.
Primero formatee el disco duro entero. Eso lo hice con el disco de arranque del 98. Despues ejecute fdisk desde el mismo disquete. Con el fdisk borre la unica particion que habia. Despues cree una particion primaria de dos del tamaño adecuado. En esa particion iria despues el w2k. Despues de crear esa particion, cree una articion extendida de dos con el resto del hd. Ahi meteria el linux.
Despues instalo el windows 2k en la primera particion. Eso es instalar un w2k de forma normal. Si le digo que me haga la particion ntfs, podre leer los datos desde el linux, pero no escribir. Desde el w2k no podras ni leer ni escribir en linux. Puedes hacer una 3a particion fat 32 para poder intercambiar datos entre los dos.
Despues instalas el linux. Le dices que coja la segunda particion. Las partiiones que necesite se encargar el de hacerlas. Si instalas una distro reciente, te detectara el windows y configurara el arranque para que selecciones cual so arrancar. Si es una distro mas antigua, tendras que hacerlo a mano (pero esa es otra historia).
Espero que te haya ayudado.