Primeramente la extension .desktop (me suena mas a que pertenece a algun programa de Stardock) no pertenece a ningun Tema o Estilo Visual de windows ya que extas llevan extension .theme y .msstyles
Los .theme se componen basicamente de un fonod de escritorio, juego de cursores y el estilo visual (.msstyles), por lo que los desechamos por inutiles
El estilo visual o visual style (mas conocido como VS en la red) que es el que realmente nos interesa para cambiar la apariencia de las ventanas y la barra de inicio deve ir en
C:\WINDOWS\Resources\Themes dentro de una misma carpeta del mismo nombre para mejor disponibilidad.
Es decir si tenemos un archivo julanito.msstyle este ira en
C:\WINDOWS\Resources\Themes\Julanito\julanito.msstyle
De esta forma tendremos disponibles los VS en las proipedades de pantalla, mas concretamente en el aprtado de Apariencia
Y ya por ultimo para tener aplicar los VS tendremos que cambiar la dll uxtheme.dll de windows encargada de la administracion de los Temas y Estilos visuales y para ello tenemos el UXTheme Multi-Patcher
http://www.llbbl.com/data/nw_uxpatcher.zip
Aplicamos el parche y cuando el sistema nos pida que introducazmos el CD de windows para restaurar el original le decimos que nanai de la china.
Estilos visuales para dar y regalar
http://browse.deviantart.com/skins/windows/visualstyle/