Alquien me podria decir algun programa para linux para poder crear una particion cifrada en un pendrive?
Prueba http://www.truecrypt.org/ tienes para encriptar en AES, Serpent, Twofish, Cascades. Es multiplataforma así que en linux no tendrás ningún problema.
El único problema es que vas a necesitar instalar cosas en el PC, no es transparente, pero es lo que tiene.
Otra solución sería pillarte un Pendrive Biométrico, Kingston tiene uno de 1 GB por 40€ o así. Sólo tienes que pasar el dedo y te encripta los datos, además no necesitas instalar nada de nada en lo/s equipo/s.
Si no quieres moverlo de tu PC, la primera opción es la ideal, pero si lo vas a sacar de casa y lo vas a pasear por ahí, la segunda opción...
Saludos.