Se puede hacer? Con el emule y amule lo hago poniendo en amule que la carpeta temp sea la misma que la de emule, pero cn JDownloader ni idea
con ubuntu debes ejecutar el archivo jdownloader.jar que está en la carpeta JD.
Vamos, que no tienes que tener dos instalaciones con la misma carpeta.
Se ejecuta como un archivo java.
#2 en ningún momento me contesté yo solo, ya que en los ajustes de JDownloader en ningún apartado pone en que carpeta se guardan los ENLACES, no las descargas
#3 oki, casi no encuentro el archivo .jar pq no está en jd sino en la carpeta padre xD Ya está creé un lanzado que ejecute el comando java -jar /ruta/JDownloader.jar y funciona