Los ventiladores de las graficas son una buena fuente de ruido, dependiendo del disipador y de la tarjeta podrias bajarle el voltaje al ventilador, ponerlo a 7 o 5 voltios, eso si controlando la temperatura que no suba demasiado.
El ventilador de la fuente puedes reducir su ruido primero recortando la rejilla que trae y poniendo una decente (de las que venden en las tiendas de electronica) y luego bajandole el voltaje, por lo general los ventiladores de 8 cm (como el de la fuente) no suelen dar ningun problema a 5 voltios y generan flujo de aire suficiente para ventilar las fuentes de alimentacion normales.
Los discos duros no tienen mas solucion que cambiarlos por otros que hagan menos ruido.
En mi equipo tengo todos los ventiladores funcionando a 5 voltios (incluido el de la grafica), y el ruido que molesta actualmente es el de los HDs, con el tiempo he ido cambiando todos a Seagate, que para mi gusto son los mas silenciosos junto con los IBM (hablo de los modelos que tengo yo, claro).