la verdad es que no quería hacer up de este tema pero parece que es complicado usar el google...
el máximo de FAT32 es de 4gb pero eso no significa que no de problemas con archivos grandes.
acabado aun no esta, NTFS necesita archivos de intercambio mayores que FAT32, y solo añade a este sistema las reglas de seguridad ( permisos windows ) así que para dispositivos de almacenamiento como mp3 no es necesario su uso, e incluso es recomendable por encima de NTFS.
el comentario de FAT32 con linux y MacOs X me ha matado, no are comentarios, creo que ni los merece simplemente no, no los usa así que ...
en este caso el limite te impone el IE, que limita las descargas a 2GB, ya que componer archivos mayores le da problemas, aunque con cualquier gestor se soluciona, incluso actualizando el IE carga un Activex para ello.
saludos