#1 Copy paste de http://foro.noticias3d.com/vbulletin/showthread.php?t=240866
2 pines: GND y VCC. Se pueden regular variando el voltaje en VCC (bien de forma analógica o bien a través de una señal PWM en este pin). No se pueden monitorizar las rpm. Normalmente GND es el cable negro y VCC el rojo.
3 pines: GND, VCC y sensor. Se pueden regular variando el voltaje en VCC ( al igual que antes, bien de forma analógica o bien a través de una señal PWM en este pin). Sí se pueden monitorizar las rpm a través del tercer pin (sensor). Normalmente GND es el cable negro, VCC rojo y sensor amarillo.
4 pines: GND, VCC, sensor y control. Están pensados para poner VCC constante a 12V y poder cambiar la velocidad a través del pin "control" conectando aquí una señal PWM (esto tiene algunas ventajas, el motor del ventilador sufre menos al tener la alimentación constante, y además evita algunos ruidillos de clickeo en algunos ventiladores). Se puede monitorizar la velocidad a través del pin "sensor". En estos los colores son: GND (negro), VCC (amarillo), sensor (verde) y control (azul)
Así que en principio depende de tu placa base el que se pueda regular la velocidad de los ventiladores. Tal vez el CPU_FAN2 se controle desde otro apartado distinto al FAN1.
Prueba a intercambiarlos, a ver que pasa.