Acoustica AudioMixer es tu programa.
Abre la sesion entera y luego pones marcas en todos los tracks o periodos de tiempo que que quieras crear. Le das a guardar y te guarda todos los tracks separados por orden. Util para grabar luego en cd de audio de forma que suene continua la sesion pero que si das al botoncito de track te pasa a la siguiente cancion.
Lo hace de forma automatica. Es el que mas uso. lo uso para cortar programas de radio grabados en el ordenata y luego poder pasar hacia delante como si fuesen tracks de canciones.
Otros interesantes:
Mp3megasplitter.
Mp3 directcut
Este ultimo es mas bien para trocear canciones sueltas y ajustar el principio y el final