El espacio de un HDD de 40GB es sobre los 38 (dependiendo del fabricante), si gestionaste las particiones del disco con el propio gestor que trae el instalador de WinXP, te habrá creado una partición extendida y sin formato (oculta) de C, de aprox. 1 GB.
Imagino que para tema de instalación o algo q todavía desconozco....
De todas formas, con el Partition Magic, puedes recuperarlo, pero ojito q te puedes cargar el sistema.
Yo me esperaría al prox. format, y entonces gestionarías las part. con el Partition Magic, y una vez hecho, instalaría WinXP.
Es un poco lioso, pero es lo que hay ;\