En win2k en herramientas administrativas puedes hacer particiones en formato FAT, NTFS, lo que kieras, independientemente q el formato de disco del resto de tu disco duro.
Yo lo hice desde ahí haciendo una partición de 12 Gb a continuación de c:\ en formato FAT. Luego linux le da su propio formato (ext 3 por ejemplo) y se instala haciendo en esa partición otras particiones llamadas swap.
Bueno, no te preocupes, no es difícil. Si crees q no puedes hacerlo así o no eres capaz, descárgate "acronis partition expert" que es un software bastante bueno para hacer particiones y que encontrarás en mocosoft.
Suerte...