Me han pasado cosas similares con Manjaro. Al final la mandé a tomar por culo.
Vas a tener que ir programa por programa y revisar en .config qué se está escribiendo y si está correctamente.
Yo usaba KDE y era un puto coñazo, arreglaba alguna tocando cosas de forma manual pero otras no encontraba solución.
Lo digo desde hace tiempo;
Ubuntu se ha convertido en basura. Y diría más, las distribuciones LTS/stable que no son alma/Rocky/RHEL/Fedora/Debian, tienen problemas de este tipo, porque el software que usas se actualiza a diario, mientras que el sistema operativo lo hace cada X meses.
Me juego el pie a que si hay alguna rolling release/unstable de Ubuntu, funciona mejor que las versiones base/LTS.