Si has arrancado desde un diskette de Win98, o 95 y no te reconoce el HDD, significa que lo tienes formateado en NTFS, por lo que no vas a poder instalar el 98.
Dos opciones:
A) Arrancar con el diskette, ejecutar el FDISK, deshacer las particiones y crear una nueva en FAT32.
Pierdes todo lo que tengas y luego tendras que instalar primero el 98 y desde el el 2000.
Buscar el Partition Magic instalartelo y crearte una particion nueva en FAT32, arranca de diskette e instala el 98, luego edita el boot.ini del 2000 para indicarle los SO que tienes.
Te recomendaria que usases como disco de arranque el que te bajas de aqui www.bootdisk.com
Hay una tercera opcion bastante rapida y viable, que es utilizar el VMware, es un programa que te crea un ordenador virtual con el SO que quieras, y se comporta como si realmente fueran ordenas distintos, seria la solucion más elegante, pero tiene la pega de que el ordena virtual trabaja solo a 256 colores (o al menos yo no fui capaz de que lo hiciera a mas).
Ahora la mas limpia aunque tambien la mas bestia es la A.
Suerte.