Cuando instalas Windows este se encarga de sobreescribir el sector de arranque, así que supongo que no puedes hacer nada para no "perderlo" (a no ser que haya alguna forma de configurar el instalador, pero yo no he visto nunca nada de opciones)
Para recuperarlo solo tienes que volver a escribir el sector de arranque con el lanzador de grub, está escrito en 100000 sitios por internet.
Diría que cuando lo hice con 2 comandos estaba de nuevo en marcha: metí el LiveCD de ubuntu, algo como grub, root(algo), noseque(algo, otracosa)
Edit: http://www.sorgonet.com/linux/grubrestore/
Hay que tener en cuenta que Grub usa la nomenclatura hd0, hd1... en vez de sda, sdb... y las particiones también empiezan en 0, tal y como indica la frase:
(hd0,1) means hda (primary controller master), second partition.
Así que si tu grub está en sda2
Pues para grub eso es hd0, 1
root(hd0, 1)
setup(hd0)