Si puedes comprueba que se te cae por culpa del pc, tienes algun portatil u otro pc para probar la conexion? Si no se te cae con otro pc, pues prueba a pasar algun otro programa de spyware o algo, y si no tienes mas virus en el pc despues de pasarlo, prueba por si acaso a reinstalar drivers del ethernet, cambia el cable si puedes etc (lo primero que hago yo con cualquier problema del pc es revisar el hardware para ir quitando problemas, aunque parezca una tonteria, muchas veces puede solucionarte comeduras de cabeza).
Si despues de todo esto sigue pasandote... busca algo de informacion por google del troyano que tenias, a ver si hace algo extraño con la conexion.
La ultima opcion seria el formateo >.<