Montar dos directorios en un destino (solapado)

ahora viene lo jodido, yo tambien pense en enlaces simbolicos, pero no me sirve, ya q en el Dir-destino corro un script que genera una imagen iso, y si dentro del Dir-destino hay enlaces a la hora de montar o arrancar la iso, los enlaces apuntan "fuera" del mismo, con lo cual no sirve.

mira, el tema te lo explico un poco mejor, la iso, es la iso final de la distro q estoy haciendo.

mi problema es, por no duplicar los ficheros y copiarlos siempre antes de cerrar la iso, queria hacerme por un lado el repositorio de paquetes, y por el otro lado el contenido del "dvd"(iso) pero que finalmente el dvd contuviera el repositorio propio, asi cada vez q lanzo la aplicacion de crear la iso, haga un "snapshot" de todo tal como esta en ese momento.

Aver, el instalador y poco mas, no hay q retocar en la distro, lo q cambia son los paquetes, porque tengo de tener los paquetes duplicados en dos sitios cuando los puedo tener en uno solo y trabajar asi sobre unos.

eso voy a mirarmelo mejor, seguramente les pida al noc q me pinchen otro disco de 500 gigas, y sobre ese creare todo desde cero, luego movere todos los ficheros.