Pues en cuestion de servidores linux si es mas estable, pero quiza mas dificil de prepararlo a tal fin que Windows sin saber nada de Linux.
En cuanto a FTP tienes un monton de servidores y en cuanto a web, yo te recomendaria Apache. Manuales hay por todos lados, es lo weno de Linux, que todo esta debidamente documentado.
Un punto a tener en cuenta es el lenguaje con el que vayas a trabajar. Si vas a trabajar con .asp lo mejor seria un servidor Windows, aunque Apache tambien tiene modulos para este lenguaje.
Y por ultimo, sobre que dstribucion elegir, en tu caso elegiria Ubuntu que se maneja de manera mas sencilla, pero para servidor, lo mejor es tener las menos aplicaciones posibles, solo las que interesan realmente.