Tu problema es claro, tienes inestabilidad en el sistema, el porqué es lo dudoso, intentemos abarcar los posibles problemas y sus soluciones.
Problema de temperatura: lo más recomendable es que nos indiques que procesador tienes, con esto te podría decir si tu procesador ronda buenas temperaturas (según las que das) o está por encima del umbral peligroso. Aún así, es más que probable que la sonda de la placa base no mida del todo bien, por lo que intenta revisar que los ventiladores de cada disipador funcionen a su ritmo de revoluciones natural y si es posible cámbiales la pasta térmica a los disipadores.
-¿overclock? Es una pregunta sencilla que requiere una respuesta aún más sencilla, sí o no, por favor contesta a esta pregunta ya que un mal overclock te puede producir inestabilidad en el sistema y por consiguiente los sintomas que nos explicas.
-Incompatibilidad memoria/timmings/etc Revisa que no tengas algun problema de incompatibilidad entre tu placa y la ram, hay diversas placas y memorias que no se llevan muy bien, cómo los harchiconocidos problemas entre kingston (value ram) y dfi. Por otra parte yo volvería a pincharlas por, parece una estupidez pero podría solucionar tu problema, al igual que revisa que tenga los timmings correctos o incluiso rebájalos.
También podrías tener algún problema por compartir irq, alguna tarjeta pci que esté compartiendo con la gráfica o similar, esto no es muy probable pero no estaría de más que lo comprobaras.
Aparte de revisar los ventiladores, disipadores y demás, utiliza los siguientes programas para ver en que falla tu sistema.
Memtest: pasale unos cuantos loops completos para ver si da errores en la memoria y descartar la misma.
Prime95: pasale un torture test para comprobar estabilidad, con un par de horitas a podrás hablar de cierta estabilidad, aunque personalmente considero estable 100% a partir de las 8 horas sin erroes.
Todo esto es lo más probable, luego puede ser que tengas problemas con el hd, algún sector dañado, la tabla de particiones dañada..vamos que le pases algún programa de analisis de hd para comprabar esto último.
Ahora mismo no se me ocurre nada más, intenta comprobar lo que te he dicho y si nada soluciona tu problema buscaremos otras posibles soluciones.
Saludos
Por cierto, te he editado el título, se más explicito la próxima vez.