*****Edit http://www.imtoo.com/mpeg-encoder.html creo que te refieres a esta versión de IMTOO
Este se parece bastante http://total-video-converter.softonic.com/
Te añado algún par de programas más.
En grado de dificultad y configurabilidad
El mas facil Winavi (versión de prueba) VIDEO
MediaCoder (gratuito) AUDIO Y VIDEO Está muy bien y soporta multitud de formatos, cuenta con packs de optimizacion para procesadores Intel Core 2 y Amd Athlon por ejemplo, addons para amr y 3gp. Está en español (lo configuras cuando lo inicies) http://mediacoder.sourceforge.net/
Es algo complicado, más bien bastante por culpa de su interfaz, pero si la pillas a la primera lo entenderás bastante bien.
El mas personalizabe (bitrate, tamaño de salida) AUDIO Y VIDEO
SUPER http://www.erightsoft.net/home.html (gratuito)
Si tienes la suite de Nero no te olvides de Nero Recode (lo malo es que solo convierte de AVI, Mpeg, DVD, etc. a MP4 (codec nero digital, funciona con un decodificador Mpeg 4 generico y cuenta con versión HD)