De internet explorer.
Le he pasado el malware bites pero nada 
Solución rápida , Agregar o quitar programas , activar o desactivar características de windows y elimina esa basura .
1- comprueba que el motor de búsqueda del chrome sea google y no otro tipo babylon search u otro malware.
2- Comprueba que en las extensiones de chrome no tengas ninguna sospechosa
3- Instala Adblock plus
4- Usa CCleaner y Glary para una limpieza y una reparación del registro. También comprueba que programas sospechosos tienes instalados
5- Descargate el SUPERAntiSpyware y haz un escaneo completo al equipo.También puedes pasarle un antivirus online para estar más seguro de no tener ningún bicho.
#4 Si tu problema es que aun usando el chrome, cuando abres algo de algun juego, ventana de publicidad de skype, msn, manual online de algun juego o ese tipo de casos. Es normal, si tienes como predeterminado o aun sin tenerlo como predeterminado el IE te saltara con esos casos por que Windows lo hace asi.
Lo que tienes que hacer es desinstalar el IE y punto, si son ventanas de publicidad y tal haz lo de #3 y desistana el IE tambien xD