Hombre, especular, puedes especular lo que te de la gana, y a lo mejor aciertas y a lo mejor te equivocas, pero de momento solo hay ciertos puntos en la historia que están claros, y lo dejan todo muy abierto.
"Los combine, una raza alienigena diferente que se dedica a combinar (de ahi su nombre) otras razas con la suya para aprovechar la tecnologia detecta esta tormenta de portales y se interesa por saber de donde proviene.
Se topan con la tierra."
No se sabe si combinan con su especie, y yo no lo creo, si te fijas en la prisión, en el discurso del Dr. Breen, habla a los solados combine como una especie propia, El Dr. Breen dice que ha convencido a los benefactores (los combine) de que ellos son la mejor especie, y que no pueden fallar, ya que si los combine ven que son una especie inútil la eliminarán, así que no parece que la especie combinada se combine con los combine (tiene un poco de redundancia esta frase xD). Creo que lo que combinan es materia viva con materia mecánica, hay cantidad de ejemplos en el juego.
Y sobre como se topan con la Tierra, pues no creo que sea casualidad ni tenga que ver con la cascada de resonancia, sino más bien con el hecho de haber invadido Xen, que tiene toda la pinta que ya estaba invadido por los Combine.
"Bien, basicamente en la tierra conviven ahora 3 razas. Los humanos, los combine y lo que queda de Xen,
No hay combines en la Tierra, es más, cuando el Dr Breen está hablando con ellos, parece claro que el combine está en su mundo, y que van a telentransportar a Breen allí con ellos. El dice que no que moriria, y entonces le dan la posibilidad de usar un huesped. Teniendo en cuenta que se dedican a contruir criaturas biomecáncias, creo que lo más lógico es pensar que pueden transferir la mente de un ser vivo a una criatura biomecanica. El Dr Breen se pasa todo el rato con el rollo de la evolucion a una especie perfecta y que los instintos son indignos y tienen que ser eliminados, y creo que la idea de especie perfecta de los combine, es un organismo biomecanico que solo actua por lógica.
Lo que hay en la tierra es el resultado de los combine, es decir especies creadas por ellos (striders, soldados combine, etc..), pero no combines en si.
"Aqui me da enteder que un posible Combined es Nihilanth.
Una de las frases de Nihilant es "el último, soy el último", así que es poco probable que sea un combine, ya que es el último que queda de su especie. Fijate también en que tiene un tercer brazo igual que los Vortigaunts así que tiene que estar relacionados con ellos. Además también dice, "somos sus esclavos", no queda claro de quien, pero puede ser de los combine. A eso añadele que tiene partes metálicas por debajo del cuerpo, y unas cicatrices enormes en el pecho, lo cual da que pensar que los combine han trasteado con él.
Yo creo que Nihilant es algo así como el Dr. Breen, es el representante de Xen, y tiene controlados a los Vortigaunts para que creen nuevas especies combinando las especies nativas de Xen (de hecho en Half Life les vemos en una fábrica creando soldados), es lo mismo que vemos en Half Life 2, el Dr Breen controlando a los humanos creando nuevas especies a partir de las especies de la tierra.
"Otra de las cosas que he leido y que es cierta es que a los Combined les interesa secar la tierra por eso con las ciudadelas van chupando el agua y por eso esta todo tan seco cerca del mar.
Si te fijas, las Ciudadelas se van comiendo las ciudades humanas, al principio del juego el Dr Breen dice que hay un campo supresor que impide a los humanos reproducirse. El objetivo final es que no queden humanos, así que lo más probable es que por eso dejen sin recursos la tierra, para quitar toda posibilidad de que los humanos siguan viviendo. Además de secar los oceanos, están contaminando el aire para que sea irrespirable por los humanos, por eso los humanos que ya están modificados (los soldados combine) llevan máscaras para poder respirar.
Ah y sobre lo que hacen con los humanos, hay 2 tipos de cambios, uno son los stalkers, que son humanos mutilados y disminuidos en todas sus habilidades. Estos se usan como obreros, y trabajan dentro de las ciudadelas. Son el equivalente a los Vortigauns de Xen que están controlados para trabajar en fábricas donde crean otras criaturas.
Luego están los soldados combine, que serían el equivalente al alien Grunt de Xen, modificados para combatir.
cada vez me mola mas este juego 
?