No es una interpretación a mi manera. Shepard tiene, sí o sí, que estar adoctrinado ANTES de entrar en la ciudadela, es más, tiene que estar adoctrinado muchísimo antes, desde el principio del juego si asumimos que todo transcurre en unos cuantos meses.
En las novelas se ve como un sujeto se puede resistir bastante a las decisiones que, al principio del adoctrinamiento, quieren que tomes los Reapers.
Si el adoctrinamiento comienza cuando Shepard se despierta tras el disparo de Harbinger le habría resultado facílisimo salir de él, el proceso por el que los Reapers toman el control, repito, es muy lento (les lleva buena parte de Mass Effect 3 adoctrinar a Illusive Man, en un comic se ve como el Illusive Man escucha a los Reapers y consigue resistir y salir adelante sin estar adoctrinado)
Si la imagen de Anderson la crea Shepard tiene hasta menos sentido, ¿por qué su mente le iba a decir que, para vencer a lo que le está pasando, tiene que tomar la decisión que es Renegade? Una decisión que, en su mente, significa la muerte de TODOS los sintéticos, después de todo el tiempo en el que ha luchado a favor de los sintéticos no tiene sentido.
Si solo muestra principios es IMPOSIBLE que se crea nada de eso, ningún personaje adoctrinado sobre el que he leído/visto algo no se ha dado cuenta de lo que le está pasando.
En la novela, el personaje principal empieza a escuchar muchos susurros y por eso se da cuenta de lo que le está pasando y lucha con todas sus fuerzas, incluso drogado.
Illusive Man toca, por accidente, un reaper device y oye los mismos susurros (como es un comic, representados como harbinger hablandole en un fondo oscuro) y, desconociendo la existencia de los mismos, se sobrepone a ellos y sigue adelante libre de su influencia (hasta que se obsesiona)
El sujeto adoctrinado, al principio del mismo, es incapaz de aceptar lo que le están proponiendo y lucha con todas sus fuerzas contra lo que está viendo/le están haciendo ver. Eventulamente las mejoras (porque los Reapers actuan mejorando al sujeto incluso cuando éste no está bajo su influencia) y el hecho de que uno gaste sus fuerzas luchando acaban por ser lo que derrota al sujeto.