Primero tienes que dejar K.O. al soldado que quieres capturar, y luego tienes que arrastrarlo hasta el camion.
Despues al salir de la mision lo tienes dentro del menu, en el icono de la carcel por un tiempo, y dentro de algunas horas ya lo podras asignarlo a uno de tus equipos. Una de las primeras opciones que tienes en el menu principal es la de organizacion de los equipos. Tambien hay otra parte del menu en la que te aparecen los soldados sin ninguna asignacion, que es a donde van despues de meterlos en la carcel esa
No me puedo explicar mejor pq hace tiempo que no lo juego, pero mas o menos era asi, si no recuerdo mal. Espero que sirva de alguna ayuda.