Pongo esto por si alguno no se le soluciona:
Sacado de un foro para dos mandos
"Yo tengo lo msimo q vosotros, (2 pad de ps2 en un adaptador a usb), me pasaba lo mismmo y le he solucionado. vamos a ver, lo primero id a inicio/panel de control/controladores de juegos, alli aseguraos q estan los dos pad, debe de poner DOS VECES, usb human 2p interface device ok, si no lo pone 2 veces, desconectar el usb y volver a conectarlo, por supuesto con los 2 pad conectados, si ya lo teneis dos veces, id a inicio/todos los programas/konami/pro evolution soccer 6/settings, en player 2 seleccionar el primero de los pad de la lista, y configuradlo si es necesario, en el player 1, el segundo de la lista, a mi no me funciono alreves, por curioso q parezca. le dais a OK y a jugar! (con 2 mandos)"
Saludos.