La carpeta no sale porque es una carpeta oculta, tienes que activarlo en las opciones de carpeta de windows, y ahi si veras que los directorios se corresponden.
Para jugar quake olvida CS, yo describiria quake como un juego muy dinamico donde moverse bien es tener la mitad hecho. El aim, por supuesto, es muy importante, pero eso al tiempo.
Tienes para elegir varios modos de juego, aunque eso ya me imagino que lo habras visto
Y en lo de la cfg te diria que probaras varias que ahi subidas en el hilo repositorio de CFG's. Tampoco te dejes engañar por las cfgs, porque en mi opinion tambien se basa mucho en jugar a gusto. Yo soy de los que piensan que Quake está hecho para jugarlo sin muchos graficos y con 125fps y 120hz x,D.
Suerte.