No, los mundos no se separan, colisionan, se destruyen y Origin se reinicia a un estado en el que se dejan de atraer.
Nia dice que las aniquilaciónes suceden porque ambos mundos están colisionando (capítulo 6), Z no logra detener por completo el tiempo, sino que sigue transcurriendo pero de forma ínfima y extremadamente lenta, incluso con Z tarde o temprano iba a llegar el final, de hecho hacen las referencias de como se atraen los polos opuestos, mundo positivo con mundo negativo, creando la Anti materia mientras colapsan entre si.
En la primer cinemática, podés observar cómo los mundos se empiezan a destruir y a tener aniquilaciónes por todos lados (Con Noah de chiquito). En el final del juego, ambos mundos empiezan a desaparecer (forma romántica de morir), y luego el reinicio es exitoso porque cuando se reinicia a un estado en una versión de Noah siendo niño, está vez no se están destruyendo, sino que los mundos se repelen y se empiezan a separar.
Nia lo único que dice en su historia de Ascención, es que nunca más se iban acordar de lo que vivieron todo ese tiempo, sus recuerdos iban a desaparecer, ya que los mundos se iban a separar (luego de la aniquilación masiva).
De ahí tantas críticas al final inconsistente del juego, porque este plot twist lo sacan porque potato, recién en el despertar de Nia, jamás se habló de esto (aunque se dió pistas mínimas con las aniquilaciónes).
Y la bronca que da, que todas las misiones secundarias, de héroes, afinidades con las colonias, la relación entre Mío y Noah, etc. Nunca iban a ocurrir, porque todos ellos murieron y Origin reinicio a versiones copias al mundo, antes de que todos ellos se pudieran conocer. Las relaciones que se fueron formando no sirvieron para nada, e igual no era lo mismo ya que todos murieron, la gente de la ciudad nunca existió (al no haber Mobius).
Y que sobre todo, básicamente, el plano de Z, tuvo razón todo el tiempo. Noah y Mío son los verdaderos villanos (un final similar al de Golden Sin 1, todo lo que hacemos contribuye a la destrucción del mundo, no lo estamos salvando)