Hay varias sagas y hay libros independientes. Los libros de la Herejía de Horus están muy bien, aunque en realidad son como una precuela. Explican unos hechos que ocurren unos 10.000 años antes de la situación "actual" de Warhammer 40'000. Para saber más o menos por qué están las cosas como están para la humanidad, de dónde salen los marines del Caos y eso.
El primer libro es "Horus, Señor de la guerra". La diferencia de ésta saga comparada con las demás, aparte de que históricamente son otras fechas, es que los autores de cada libro son diferentes, entonces puede que unos te encanten y otros te parezcan una mierda. Hay 7 libros de ésta saga traducidos de momento en España.
Tambien tienes sagas acerca de los Ultramarines, de los Ángeles Sangrientos, novelas sobre la Inquisición, sobre los Eldar, novelizaciones de los Dawn of War...
No he leído todo, así que sólo te puedo hablar de lo que he leído. Mi autor favorito dentro de Warhammer Fantasy/40K es de largo Dan Abnett. Mi saga favorita, Los Fantasmas de Gaunt (un regimiento de la Guardia Imperial) es suya. Horus, Señor de la guerra tambien es suyo, y el séptimo volumen de la Herejía de Horus, el último que han sacado aquí, taaambien es suyo. Y los libros del Inquisidor Einsenhorn... pues tambien xDD
De los demás libros existentes ElKedao te podrá decir algo más, ha leído casi todo lo habido y por haber.
Tenemos un thread para comentar los libros de La Herejía aquí, eso sí, cuidado con los spoilers xDD