Mira las webs de las editoriales que te interesen (y de las que no xD) porque suelen tener un apartado que te comentan el sistema que tienen a la hora de recibir propuestas; y las que no tienen apartado propiamente dicho, tienen dirección de dudas y tal. Las editoriales pequeñas seguramente te hagan caso si les preguntas por email, las grandes seguramente suden de ti pero no pierdes nada escribiéndoles.
En cuanto a lo del tipo de publicación, vete olvidándote, creo que ni los Pacos Rocas, Zapicos y demás pesos pesados eligen los formatos... puedes decirles más o menos la idea que tienes en la cabeza pero yo no insistiría mucho en eso. El rollo serie de varios tomos tampoco te va a ayudar mucho a convencerles, quieren cosas más cerradas, aunque si tu duda va más por cómo estructurar la historia en sí misma, supongo que no tendrás problemas. Si es original el concepto igual incluso ganas puntos. En cualquier caso céntrate en la historia que quieres contar y comenta brevemente cómo te gustaría que quedara el resultado final en las librerías, pero como te digo, no dejes que eso quite protagonismo a la historia, a no ser que el proyecto sólo tenga sentido si es presentado de una determinada manera, en cuyo caso debes tener en cuenta que es arriesgado hacer algo así de primeras.
Ya nos irás contando cómo va la cosa, a ver si tienes suerte.
Ah, y vete mándandome lo que tengas si quieres. Supongo que sabes que no hay un patrón claro sobre como escribir un guión de cómic, hay autores que lo escriben rollo guión de cine, otros más novelado, otros perfectamente acotado lo que tiene que ir en cada viñeta y en cada página... Lo normal es que te pidan un resumen de la historia y tal vez una muestra de unas 5 páginas ya en formato guión de comic.