#4266 lo de la caja responde un poco a todo: en la época las de 6 serían más caras y con coches pequeños no se complicaban la vida en meter cajas de 6. Las cajas de cambios han ido ganando marchas con los años hasta que nos hemos estancado en 6 (algún que otro fabricante tiene manuales de 7, como Porsche o algún modelo americano que no recuerdo: Corvette?), que parece tener un buen compromiso entre aceleración y consumo.
Al final, cuantas más marchas tengas, más cortas pueden ser las primeras marchas y por tanto más aceleración gana el coche; mientras que tener una sexta mantiene las rpm bajas a alta velocidad y ayuda a sacar consumos (aunque no en todos los casos!).
Lo que comento se ha notado mucho con coches automáticos. El BMW E60 por ejemplo era más lento de 0 a 100 en automático con respecto al manual. Hoy por hoy la cosa se invierte porque la automática tiene dos marchas más (además de que cambia más rápido, claro, pero el gear-ratio ayuda).
En cuanto a las levas: no, tenerlas en el volante no encarece mucho en cuanto a coste de producción. Apenas necesitas las dos levas (dos botones de plástico) y un poco de cableado. Pero claro, los fabricantes no desaprovechan la oportunidad de clavarte un guateque si quieres levas.
En BMW por ejemplo las levas sólo vienen si tienes la caja automática deportiva, con el aliciente de que la caja también es más rápida/agresiva/impactante que la normal. Lo cojonudo es que es la misma caja pero calibrada distinto. El negocio redondo.