Es mejor romperse el craneo buscando en webs fiables a ir a agencias. Te explico un poco.
En mi último viaje a EEUU, mis compañeros se fueron directos a la agencia, HALCON VIAJES, y les costó el viaje a Los ángeles 840€, (8 meses antes del viaje), 1 mes antes del viaje, yo mediante la web de marsans y después de haber mirado 500 webs durante no se cuanto tiempo, me salió un viaje por 810€ a Los Ángeles, en el mismo tiempo y todo.
Lo "bueno" que tienen las agencias es que si pasa algo les puedes reclamar, y en algunos casos, como habitaciones de hoteles y demás, ellos se quedan con el derecho de "X" habitaciones, por lo que si hay algún hotel que no queden habitaciones en webs como atrapalo,rumbo.es,booking, etc...puedes ir a una agencia y ya verás como tienen alguna libre.
Con todo esto hay algunas ofertas que hacen las agencias, y que entrando a su web tmb puedes acceder a ella, como en mi caso con marsans..
Espero haberte aclarado un poco el tema.
Y como bien dice #2 tmb depende del viaje , donde y que quieres realmente.
Web fiables para hoteles y alojamientos: Atrapalo,Booking.es.
Web fiable para vuelos: edreams,rumbo.es.