A ver...
Te lo guarda en tu archivo de configuración de tu cuenta que está en el directorio WTF.
Dentro de ese archivo hay un trozo en el que están todas las localizaciones. Cuando encuentras un objeto nuevo te añade una,...
En la versión 1.x del Gatherer tenian un programa para poder guardarte y pasarte entre tus cuentas las posiciones.
Gracias a ello entre muchos consiguieron rellenar los mapas de puntitos de minas, hierbas y demás...
entonces habia un archivo con TODA la información de backup el cual con el programa indicado te ponias en la configuración de tu cuenta en el archivo que está en el WTF.
El problema es que el diseño de la web cambio junto con el Gatherer 2.x y "desapareció" dicho programa, no se si pq a Blizzard no le gustaba la idea o pq los creadores del Gatherer preferian que cada uno guardara sus propias minas a tener una base de datos universal con todas ellas ya descubierta.
La cosa es que si en su dias te anexaste dicha base de datos, ahora ya la tienes, pero si no creo que no se puede anexar ya con esta versión de addon. (quiza buscando el 1.x y el exe y añadiendolo y luego actualizandote funcionaría).