Logicamente el anime esta contado desde el punto de vista de hideki que fue el creador de evangelion en anime como hoy lo conocemos, y el manga esta contado desde el punto de vista de Sadamoto, que fue el maximo colaborador de Hideki en el anime.
Respecto a lo de "verdadera historia" me referia, a que la version de Sadamoto en el manga es mucho mejor que la del anime, parece mas realista, al menos asi lo vemos la mayoria de personas en general.
Solo hay que leerlo para darte cuenta de que version es mejor. En el anime se ridiculizan a muchos personajes como shinji, y se ven escenas inutiles, sin contar el repentino cierre con dos capitulos de rayada mental sin sentido xDD
Tampoco intento debatir entre las dos versiones, solo digo que si teneis oportunidad de leer algunos de los volumenes del manga os lo recomiendo. Porque si os gusto el anime a lo mejor el manga os gustara mas.
PD: Por si a alguien le interesa, el que creo la idea de evangelion fue Sadamoto, presento la idea en manga con capitulos piloto, pero a las editoriales no les convencio. Entonces Gainax compro el proyecto y Hideki lo saco en anime, de ahi que Sadamoto luego quisiese sacar su propia version, ya que la de Hideki no era tal y como a el le gustaba.
Saludos!