Cancer paper of the week

DarkRaptor

#29 #30
Por poder, ya hay dietas que se han intentado utilizar como terapia antitumoral pero el resultado es bastante ejem ejem (por decir algo) y por otro lado, no son terapias fáciles de mantener en el tiempo. Y esto último es importante.

#30Ulmo:

De hecho el segundo factor de hábitos que más afecta a la aparición de cáncer es la dieta, solo por detrás del tabaco

De acuerdo con la OMS la segunda causa de cáncer prevenible (o dicho de otra manera, la segunda intervención preventiva más rentable) es el alcohol, al menos la última vez que lo consulté.

#30Ulmo:

Pero también es cierto que no dejan de ser células que puede autoregularse y ajustar su desarrollo a las condiciones ambientales.

Esto es la clave. Precisamente en mi TFG estudio mecanismos de adaptación tumoral y muchos de ellos facilitan la obtención de nutrientes y la resistencia a la hipoxia. Por poner un ejemplo, LAT-1 se sobreexpresa en muchos tumores y viene a ser un transportador de aminoácidos neutros. Además de ser muy importante para la vía de mTOR (yo me quedé un poco WTF con esto) permite a la célula obtener los nutrientes que necesita para proliferar a toda ostia.

2 respuestas
Ulmo
#31DarkRaptor:

De acuerdo con la OMS la segunda causa de cáncer prevenible (o dicho de otra manera, la segunda intervención preventiva más rentable) es el alcohol, al menos la última vez que lo consulté.

Supnogo que depende mucho de si se mira en número total de pacientes o en impacto por tipo de cáncer. De acuerdo con la AARC es la obesidad (que ya se que no es dieta pero bué :D ), y en el caso de no ser obeso la dieta sigue estando en 6 lugar por delante del alcohol.

https://www.aacrfoundation.org/Pages/prevention.aspx

Mañana subo paper de hace pocos meses que destroza todos los mitos de las dietas que curan cancer. Básicamente el spoiler es que los estudios no son nada robustos como para poder extraer una conclusión firme, ni tan si quiera en "indicios".

Todo el rollo de la nutrigenómica ahora está muy pushing, y yo me puedo creer muchas cosas en materia de prevención del cáncer, pero hoy por hoy en cuanto a cura del cáncer la cosa no está nada clara por mucho marketing que nos vendan.

2 respuestas
DarkRaptor

#32
Te voy a tener que dar la razón. No se en qué momento he dejado fijado ese dato cuando claramente lo que he dicho NO es cierto:

Me he debido de hacer la picha un lío con los cánceres ORL que me repasé hace un mes y pasa lo que pasa. Mis disculpas Ulmo.

1 respuesta
Ulmo

#33 Buuuuuuuu. Yo tambien digo la mayoria de datos de memoria por la pereza que me da buscarlos y debo decir que tengo un segundo doctorado en meter la pata al decirlos.

De todas formas el beber alcohol forma parte de la dieta de alguna manera: no fumar, algo de ejercicio y una dieta equilibrada son manos de santo contra el cáncer.

Ya que estoy hablando de tabaco diré una curiosidad a lo Sheldon Cooper:

El tabaco provoca un tipo de mutación totalmente diferente al resto de procesos y es facilísima de rastrear. Así que mediante un test genético es sencillisimo saber si alguien ha fumado durante bastante tiempo. Lo que nunca me ha dado por comprobar es cuántos mienten al médico.

_RUGBY_

#31 #32 aver yo no digo que cure y no lo he leído xdd solo digo que leía retardar su aparición etc.. de todos modos os pongo los artículos que citaba donde lo leí para que deis vuestras opiniones como trabajadores de este área. Muchas gracias
https://nutritionandmetabolism.biomedcentral.com/articles/10.1186/1743-7075-8-75
Relación entre síndrome metabólico y cáncer:
https://academic.oup.com/ajcn/article/86/3/836S/4649613
http://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/07315724.1995.10718495
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0036197
https://nutritionandmetabolism.biomedcentral.com/articles/10.1186/1743-7075-7-33

1 respuesta
Ulmo
#35_RUGBY_:

solo digo que leía retardar su aparición etc

Yep, como digo la dieta es un importante factor de prevención del cáncer, por lo tanto una dieta más equilibrada tan solo con que evite la obesidad (segunda causa de cáncer como se ha puesto en post anteriores) ya sería una gran ayuda. La mayoría de papers que pones indican las correlaciones de dicha dieta con la prevención del cáncer. Solo una de ellas, la última, habla realmente de efectos beneficiosos en su tratamiento, pero es que en ese paper se ha mirado a solo 1 paciente (una mujer de 65 años), por lo que cualquier conclusión es puramente especulativa.

A lo que me refiero es que una dieta de cualquier tipo ya va a ser preventiva para el cáncer, ¿lo es más una ketogénica que el resto? Esto no encuentro que esté demostrado por ningún lado. Como ejemplo, el tabaco es la principal causa de cáncer, si yo afirmo que comer chicles de menta en vez de fumar reduce el riesgo de cáncer, ¿es el chicle el que lo previene? No, es la ausencia de fumar.

Por eso hay que ir con cuidado a la hora de analizar las dietas milagrosas contra el cáncer, porque de entrada casi cualquier dieta será beneficiosa, ya que prevenir la obesidad es la segunda cosa más inteligente que puedes hacer para prevenir el cáncer.

En 10min subo un artículo de hace escasos meses sobre esta dieta.

1 respuesta
_RUGBY_

#36 Muy interesante, sobre tu pregunta una dieta baja en carbohidratos y alta en grasas , previene o mejora sería la palabra la insulinoresistencia que aparece a todos con la edad por lo que previene la aparición del síndrome metabólico; las demás dietas al meter más carga de carbohidratos están metiendo glucosa , disparando la insulina y haciéndose insulinodependientes y con los años la consiguiente aparición de un síndrome metabólico (hígado graso no alcohólico, diabetes , obesidad etc) . Entonces algo de correlación sí que vería si partimos de la base que el síndrome metabólico favorece la aparición de tipos de cáncer.

Ulmo
#36Ulmo:

En 10min subo un artículo de hace escasos meses sobre esta dieta.

No han sido 10, ha sido bastante más pero allá voy:

02/02/2018

Systematic review: isocaloric ketogenic dietary regimes for cancer patients

Bueno, pues a petición popular de 1 persona (posiblemente el único lector de este hilo así que vamos a cuidarlo), he buscado una publicación reciente que explique un poco como va todo esto de las dietas cetogénicas y la lucha contra el cáncer. Así a groso modo diremos que una dieta cetogénica es una dieta en que durante una periodo moderademente corto expones al cuerpo a un insuficiente aporte de alimentos, provocando que tu cuerpo genere cuerpos cetónicos. Como es natural, estas dietas no se pueden alargar mucho en el tiempo por las evidentes consecuencias de la falta de alimentos.

Cuando entramos en estos temas todo tiende mucho a difuminarse y da paso a libres interpretaciones que muchas veces nos confunden. Las dietas cetogénicas han demostrado funcionar en el tratamiento de alguna enfermedad (epilepsia), sabemos que factores como la dieta y la obesidad están entre las principales causas de cáncer y además todos hemos escuchado aquello de que los ratones que pasan hambre viven más años.

Entonces, ¿why not? Esto es lo que se han preguntado algunos investigadores que han empezado a indagar en el tema.

La review de esta semana hace un resumen de todos estos estudios con una perspectiva bastante crítica: ¿se ha estudiado en suficienes pacientes? ¿son los resultados significativos? ¿ha sido el estudio correctamente elaborado?

Resultados

Después de analizar muchas publicaciones al respecto, 500 en total, la revisión llega a la conclusión que todas ellos centran sus resultados en 15 estudios diferentes, que son a la postre los que ofrecen los pacientes.

Y aquí llega el primer punto peliagudo del asunto:

los pacientes que siguen dicha dieta en cada estudio

. En el mejor de los casos el estudio más "robusto" tan solo analiza 20 pacientes y es uno de los que no obtiene resultados significativos cuando se trata solo con esta dieta. Este número se vuelve más alarmante si además restamos los paciente que decidieron abandonar la dieta, por ejemplo del caso con 16 pacientes, solo 5 acabaron las pruebas.

Otro punto a tener en cuenta es ¿qué entendemos por una dieta citogénica? En los estudios van desde dietas de un puñado de días (14) hasta otros estudios que mantienen la dieta varios meses, por lo que los resultados obtenidos de ellos son difícilmente comparables.

Otros puntos de discusión que cita el artículo son relativos al seguimiento que se ha hecho de los pacientes para garantizar que siguieran la dieta o la falta de información sobre otras variables que pudieran estar afectando al estudio.

La conclusión que extraen los autores es que en la actualidad ningún estudio es lo suficientemente robusto como para asegurar que la dieta citogénica ayude a paliar el cáncer una vez este se diagnostica.

Aprovecho y os dejo un enlace con una crítica a la publicación:

Need for new review of article on ketogenic dietary regimes for cancer patients

En él se critican varios puntos de lo negativos que han sido con la terapia los autores de la revisión, el principal es que no consideran a los autores del mismo unos expertos en la materia, lo que bajo mi punto de vista es un ad hominem ya que esto debería ser independiente si realmente existieran estudios más robustos:

Aquí la conclusión final
2 1 respuesta
_RUGBY_

#38 gracias por el curro! Interesante publicación

16 días después
Ulmo

Tras mi pequeña columpiada de casi 2 semanas aquí vamos con otra nueva publicación:

19/02/2018

Chromosomal instability drives metastasis through a cytosolic DNA response

Intro

Paper que puede resultar un poco denso pero del que intentaré resaltar los puntos más relevantes.

El primero de ellos es una observación que se conoce desde hace muchos años pero que todavía hoy en día suscita debates dentro de la comunidad: la poliploidía o la inestabilidad cromosómica en cáncer. Como ya sabéis las células de nuestro cuerpo (casi todas) tienen 23 pares de cromosomas (es decir 46: 23 de la mama y 23 del papa). Este número es constante e inamovible, es extremadamente extraño encontrar una célula sana en que estos números sean diferentes. Ahora viene lo curioso: en cáncer es extremadamente habitual que las células tengan un número diferentes de cromosomas.

De hecho, un mismo tumor dentro de un individuo puede presentar incluso configuraciones de cromosomas diferentes según en qué parte tomemos la biopsia y su número puede variar a lo largo de la historia del tumor. Además, cuanto más evolucionado y agresivo es el tumor, parece que su número de cromosomas y el tamaño de su genoma es todavía más aleatorio. Aquí ya no hablamos de una mutación concretísima que afecta a un gen muy particular y que provoca una enfermedad, aquí hablamos de copiar, pegar destruir y replicar miles de genes diferentes involucrados en un sin fin de funciones biológicas.


P = tumor en estados iniciales, M = tumor metastático (fase considerada como más avanzada)

Tal es el extremo que algunos tumores tienen lo que se conocen como duplicaciones de todo su genoma (whole genome duplications), es decir, multiplican x2 todo su genoma. Si este hecho sucede tantísimo en cáncer forzosamente tiene que significar que está muy favorecido evolutivamente, entonces, ¿porque nuestras células sanas no optan por hacer lo mismo?

Esta publicación intenta demostrar como la inestabilidad cromosómica puede favorecer que un tumor pueda evolucionar de su fase primaria y volverse metastático, permitiéndolo invadir otros tejidos y ser mucho más virulento.

Resultados

Primero aclarar que en sus ensayos han usado células tumorales y han provocado la expresión de KIF2B y MCAK (asociados con la supresión de inestabilidades cromosómicas) y dnMCAK (una forma mutada de MCAK que provoca que los cromosomas no se agreguen bien y por lo tanto incita la inestabilidad). Primeramente la demostración que los modelos funcionan:

Un estudio sobre la expresión de genes en estos 2 entornos (inestabilidad cromosómica y no), revela que mientras los tumores con inestabilidad cromosómica sobrexpresan genes involucrados con procesos inflamatorios y de transición epitelio-mesénquima (permitiendo la migración celular, rasgo característicos de los tumores mestastáticos).

La respuesta de genes involucrados en procesos inflamatorios sugiere que parte de esa inestabilidad cromosómica podría estar provocando la salida de DNA del núcleo de la célula, lo que podría ser interpretado como un ataque vírico, provocando la expresión de genes inflamatorios que permitirían actuar mejor al sistema inmune. Esto se puede ver observando los "micronúcleos" que se forman (vesículas con fragmentos de DNA que se encuentran fuera del núcleo) y que nuevamente vuelve a correlacionar con aquellos casos que presentan inestabilidad cromosómica:

Opinión

Artículo algo durillo con bastante bioquímica, genes, rutas metabólicas, respuestas del sistema inmune, estados de desarrollo tumoral, etc. De todas formas mi sensación tras leer el artículo es un poco un ¿y ya está? Quiero decir, describen un proceso muy importante que está favoreciendo la inestabilidad cromosómica en fases avanzadas del tumor, algo que sin duda puede tener una importante repercusión (especialmente si el sistema inmune está actuando como parece ser). Pero a su vez no parece ser suficiente como para justificar esa enorme correlación que observamos entre cáncer e inestabilidad cromosómica.

Quizás la respuesta sea que no existe un solo punto en donde la inestabilidad cromosómica ayuda al cáncer, sino que acabe resultando que este acaba favorecido en muchos aspectos diferentes. Por lo pronto, esta publicación parece demostrar que la presencia de DNA fuera del núcleo celular del tumor podría activar genes de enorme importancia para permitir al cáncer migrar hacia otros tejidos (hacer metástasis).

3 1 respuesta
vuvefox

#40 Mi duda es ¿Como es posible que una celula con tanta inestabilidad siga siendo viable? Tiene que haber una serie de genes que esten conservados de forma obligatoria como los de la ruta metabolica de la glucolisis. Entiendo que por un lado la telomerasa que se expresa en los tumores permite crear nuevos cromosomas, hacer mas divisiones y evitar el desgaste del material genetico más de lo que ya se desgasta con tanta división pero aún asi que cree micronucleos que pueda tener ADN citosolico, que pueda funcionar siendo con poli o hipoploidias y que aun ási al bioquimica nuclear siga funcionando y permitiendo la expresión génica de tantos genes en situaciones tan poco fisiologicas me parece una brutalidad. Se que bajo el prisma de "seleccion natural" todo puede explicarse, basicamente las mutaciones que les permiten vivir siguen y las que no mueren, y que por azar aquellas que toquen genes que no deben moriran.

Pero esto me da pie a otra pregunta, ¿cual es la historia natural de un tumor que se deja a su libre albedrio? me refiero en una placa de petri, en una persona la mataría antes de poder averiguar nada, pero... ¿se diferenciarian en colonias con unas caracteristicas evolutivas homogeneas basicas y con otras mas heterogeneas y adaptativas o ,por el contarrio, moririan por si mismas por el ritmo tan grande de anaplasia y desestructuración genetica?

Opinión: me parece que hay que explorar mas los mecanismos por los cuales la célula puede adquirir las caracteristicas metastásicas, su inhibición ayudaría al control y tratamiento medico del cancer muchisimo. El microambiente tumoral es importantisimo y cada vez se pone mas de relevancia ,como dice en tu articulo, que sean los propios mecanismos inflamatorios y de defensa contra una infeccion virica los que ayuden a que la propia célula cancerosa e induzca a las celulas estromales adyacentes (sanas) a que ayuden al tumor , me parece muy lógico ,ya que ,es un mecanismo muy inespecifico y bastante conservado entre las diferentes histologías, y es algo que ya se venia contando desde hace años.

1 respuesta
Ulmo
#41vuvefox:

¿Como es posible que una celula con tanta inestabilidad siga siendo viable?

La cuestión es cambiar el enfoque de la pregunta: ¿qué parte del DNA necesita exactamente un tumor? Hay que tener en cuenta que en cada una de nuestras células se encuentra el DNA con la información para crear a todo un individuo nuevo. Muchos genes solo se expresan durante el desarrollo embrionario, otros en partes específicas del cuerpo, otros bajo circunstancias muy concretas.

¿Pero cuántos genes se necesitan para mantener una glándula mamaria? ¿Y para mantener una glándula mamaria tumoral que además puede prescindir de la mayoría de sus funciones? La realidad es que para un tumor la amplísima mayoría de su genoma es basura prescindible. Siempre habrá un número mínimo imprescindible que si los toca la fastidia, pero cuando hablamos de que un tumor puede constar de millones de células, la probabilidad de que un alto número de ellas muten a la vez un gen importante es mínima. Y si no se mutan a la vez, no importa, ya que las células tumorales que mueran serán reemplazadas con células con el gen importante perfectamente funcional. Es una evolución muy agresiva.

Por eso el tumor se permite hacer tantas locuras con su DNA, lo que no entendemos bien es el impacto real que esto tiene, tanto a nivel funcional como evolutivo.

#41vuvefox:

¿cual es la historia natural de un tumor que se deja a su libre albedrio? me refiero en una placa de petri, en una persona la mataría antes de poder averiguar nada, pero... ¿se diferenciarian en colonias con unas caracteristicas evolutivas homogeneas basicas y con otras mas heterogeneas y adaptativas o ,por el contarrio, moririan por si mismas por el ritmo tan grande de anaplasia y desestructuración genetica?

Depende, si limitas su tamaño toda población acaba muriendo por deriva genética. Si no la limitas y le das nutrientes suficientes, posiblemente viviría eternamente. Uno de los tipos celulares tumorales más famoso son las célula HeLa, este tumor se lleva cultivando décadas y se han producido toneladas de él.

Respecto a la segunda parte, si las células empezarían a diferenciarse, es un debate abierto aun. Se ha hipotetizado que el tumor podría verse favorecido por el mantenimiento de diferentes lineas tumorales que hicieran algún tipo de trabajo colaborativo, pero la verdad que yo no soy muy amante de esta teoría. La inestabilidad es muy alta, las mutaciones suceden de forma constante y el tumor está permanentemente evolucionando a formas más óptimas, elementos que suelen favorecer más la selección del más apto por encima de ambientes más estables que favorecen el colaboracionismo. No recuerdo ninguna publicación, pero se que hay algunas tratando este tema.

27 días después
kritita

Hace mucho que no nos traes un paper...

1 respuesta
Ulmo

#43 Totalmente cierto, ando un poco bastante de culo, esta semana miro de subir uno.

Cuando consiga publicar en el que estoy currando os sentireis orgullosos de mi. :kissing_heart:

1 1 respuesta
DarkRaptor

#44
O nos marcaremos un Tabris y te pondremos a parir a t... digo al paper, al paper...

Ulmo

Tras otro nuevo retraso, aquí traigo una nueva publicación. Bueno, para ser más exactos un pre-print que todavía no ha sido oficialmente publicado y que puede que acabe sufriendo algunas modificaciones. La publicación en sí me suscita algunas dudas pero lo más importante es que resalta un hecho que ahora mismo está captando mucho la atención de todos los que están secuenciando cáncer:

¿Cuántas mutaciones tiene una célula sana?

23/03/2018

Conserved patterns of somatic mutations in human blood cells

INTRO

Aprovecharé esta intro para no hablar bien bien de la publicación sino para poner un poco en contexto. En #2 veíamos como pintaban los diferente tipos de cánceres respecto a su número de mutaciones totales. Teníamos desde los menos mutados, los sanguíneos con escasas centenares o pocas miles de mutaciones, hasta los más agresivos, los de piel con sus cientos de miles de mutaciones (por no usar crema protectora!!).

La cuestión aquí es, si cogemos una célula sana y la comparamos con otra, ¿cuántas diferencias encontraríamos? ¿Es este alto número de mutaciones una consecuencia del cáncer o es que sencillamente al comprar 2 células de una misma persona siempre encontramos muchas de estas mutaciones? Como cuesta convencer a gente sana para que se deje biopsiar partes de su organismo, lo más sencillo es hacer este experimento utilizando la sangre.

Esto es exactamente lo que se ha hecho en este trabajo, pero como quieren saber más en detalle cuántas mutaciones pueden suceder y como se distribuyen, en lugar de secuenciar todo el DNA se han centrado en aquellas zonas que sabemos que provocan cáncer en la sangre y han secuenciado miles de células (hablan de cifras cercanas a 10.000). En realidad para ser estrictos no han secuenciado tantas veces, lo que han hecho en realidad es meter miles de células juntas, machacarlas y secuenciar zonas concretas en todas ellas.

Voy a ignorar que durante toda la publicación nos intentan vender las maravillas de su protocolo para secuenciar estas 32 regiones implicadas en cáncer y me centraré solo en el resto de resultados.

RESULTADOS

Como aquí lo que venimos a ver son número de mutaciones en células sanguíneas sanas y como pintan estas, lo mejor es empezar enseñando números:

Aquí nos encontramos el primer resultado un tanto llamativo. Las mutaciones C > T (es decir allí donde hay una C se muta a T) son las mayoritarias, esto es normal, pues el proceso de pasar de CG a TG es ampliamente conocido (cytosine deamination) y sabemos que sucede de forma natural. De hecho a este cambio se le ha llegado a llamar "reloj biológico" ya que no depende del cáncer y se va acumulando de forma relativamente constante con la edad. Lo llamativo es que también encontramos otros cambios con una frecuencia bastante alto. Un ejemplo es C>A que se suele asociar con algunas deficiencias genéticas o con el consumo de tabaco.

Ya tenemos el coctel de mutaciones, pero ¿cuantas de ellas? ¿Acumulamos muchas o pocas? Aquí lamentablemente no nos enseñan ninguna figura que nos ayude a comprar ¿por qué? Sí que nos dicen que de media encuentran unas 50-900 mutaciones por megabase (el genoma humano tiene unas 3.000 megabases). Si lo comparamos con los tumors de sangre de antes que tienen entre 100 y 2.000 mutaciones en total, es decir como mucho 1 mutación por megabase, saltan las primeras alarmas. ¿Como puede ser que las sanas tengan más mutaciones que las tumorales? Dejaré este punto aquí y lo extenderé algo más en mi opinión final.

El último dato más llamativo es que encuentran células con mutaciones en TODAS las posiciones, sí, incluso en aquellas que sabemos que provocan cáncer, ¡ pero sin son personas sanas!

En esa imagen se pueden ver la frecuencia de mutaciones que observan (la mitad de arriba donde pone FERMI), comparado con las mutaciones que se observan en cáncer (parta de abajo que poner TCGA). Lo que sí vemos es que mientras en cáncer hay 3 posiciones claramente favorecidas, en las células sanas para que les da un poco igual donde se vayan acumulando, no se observa preferencia alguna. Esto quiere decir que en células sanas esas mutaciones "tumorales" no le están dando ningún tipo de ventaja, bien porque solo la ofrecen en forma de tumor o bien porque solo ofrece ventaja si se encuentran en combinación con otras mutaciones. Tengamos en cuenta que aquí estamos secuenciando 10.000 células, que encontremos todas las posiciones mutadas no implica que necesariamente exista una célula con 2 posiciones concretas mutadas a la vez.

OPINIÓN

No es la primera publicación que se hace al respecto, ahora muchísima gente anda secuenciando tejidos sanos, y la mayoría de ellos coinciden en el mensaje de que las células sanas tienen un número de mutaciones que tampoco dista tanta de las que se ven en los tumores menos mutados. Esto nos hace sospechar que este gran número de mutaciones no es precisamente característico de los tumores, y que estos simplemente han tenido la fortuna o desgracia de adquirir combinaciones concretas de mutaciones que han provocado su virulencia.

En cuanto a la observación antes comentada de un número de mutaciones de 50 por megabase, cuando en sangre debería rondar el 1 por megabase, yo tengo serias dudas al respecto. Para empezar no están secuenciando todo el genoma, solo 34 regiones muy pequeñas del mismo, en su mayoría genes que se están expresando. Sabemos que los genes que se expresan acumulan muchas más mutaciones que otras zonas, si andas ahi haciendo y deshaciendo las posibilidades de romper algo aumentan. Además dan esta cifra basándose en 2 estimaciones: el número de células que creen tener y el número de mutaciones que creen observar). A la que cualquier de estos número baila algo su estima puede cambiar sustancialmente. Ellos dan una explicación un tanto extraña sobre que una vez maduras las células sanguíneas diferenciadas tendrían más mutaciones que las no diferenciadas (podría ser :unamused: ).

Al final podemos cuidarnos mucho (no fumar, protección solar, no beber, dieta sana, etc) para intentar acumular cuantas menos mutaciones mejor, pero la realidad es que vamos a seguir acumulando, y parece que bastantes. Así que tocará cruzar los dedos, jugar con el menor número de boletos posibles y rezar para que no nos toque ;)

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DarkRaptor

#46
Pues lo acabo de spamear por mis grupos de 100tifikos porque la inversión de la pregunta me mola. Nunca me había parado a pensar mucho en un posible "ruido mutacional" por llamarlo así en sanas vs cancerosas. Es decir, en teoría las células sanas van a tener mutaciones pero inconscientemente tenía asumido que serían unas cuantas aquí y allá vs el h0rr0r genético de un tumor.

Lo que me lleva a lo mismo que a ti:

#46Ulmo:

este gran número de mutaciones no es precisamente característico de los tumores, y que estos simplemente han tenido la fortuna o desgracia de adquirir combinaciones concretas de mutaciones que han provocado su virulencia.

No si al final no van a ser tantas las combinaciones para la lotería, al tiempo.

1 respuesta
Ulmo

#47 Al menos en tumores sanguíneos (CLL, AML, ALL, etc) sí que te puedo garantizar que el número de mutaciones es similar, he visto muchos números de gente secuenciando células sanas y los número son los que son. Hay por ahí una publicación horrible, y estoy esperando a la segunda donde lo expliquen mejor, en donde se demuestra que no solo tienen las mismas mutaciones, sino que ademas acumulan las de cáncer.

Han secuenciado a centenares de personas sanas y en los jóvenes es raro encontrar alguna de cáncer, en los de mediana edad es normal encontrar 1 y en los más adultos 2, se cree que de 3 mutaciones para arriba el riesgo de desarrollar una leucemia aumenta.

El hecho de que se fijen estas mutaciones concretas demuestra que incluso en células sanas se ven algo favorecidas. Por lo tanto no solo es azar, que también, sino que ademas cuando ocurre el puto cuerpo las agarra y no las suelta. Es decir nos dirige inevitablemente hacia el tumor.

Todo esto en sangre hablo.

16 días después
Ulmo

Esta vez no traigo una publicación propiamente dicha sobre un resultado científico, sino una publicación que ha salido esta semana resumiendo el trabajo y esfuerzo de una de las bases de datos sobre cáncer más importantes del mundo. Se trata del The Cancer Genome Atlas (TCGA).

The Cancer Genome Atlas: Creating Lasting Value beyond Its Data

Intro

Muchos habréis oído hablar con anterioridad de los costoso que es conseguir datos genéticos, que pueden oscilar desde las pocas decenas de dólares si solo queremos información sobre nuestros genes, hasta unos pocos miles si nuestra intención es secuenciar la totalidad del genoma. A estos costos debemos sumar un sin fin de tramas burocráticas: un comité médico debe aprobar la extracción de la muestra tumoral, un comité ético debe garantizar el uso que se va a hacer de la misma, se debe garantizar el anonimato del paciente, el almacenamiento de los datos en un entorno informático seguro, etc, etc.

Todas estas cosas imposibilitan que un investigador modesto que trabaje para una pequeña institución pueda generar sus propios análisis con la finalidad de poderlos analizar. Para intentar romper todas estas limitaciones e impulsar la investigación del cáncer en 2006 EEUU y Canadá impulsaron una plataforma llamada The Cancer Genome Atlas (TCGA) donde diferentes grupos del país que se encontraban secuenciando y analizando diferentes tipos de tumor aportarían y compartirían sus datos con toda la comunidad científica.

El TCGA se encargaría de controlar el acceso, garantizar el anonimato y generar unos criterios de búsqueda y almacenamiento de datos unificados (el formato de datos es el mismo aunque venga de diferentes laboratorios). Y además, facilita el acceso a cualquier investigador de forma totalmente gratuita bajo el único requisito de que una institución pública de investigación avale el correcto uso de los mismos. 12 años más tarde, la base de datos ha adquirido unas proporciones nada desdeñables:

TCGA no solo se ha encargado de recolectar los datos, ha tenido una función fundamental impulsando análisis propios, generando protocolos de análisis y estándares para el tratamiento de estos tipos de datos, y facilitando el acceso a sus recursos.

Como la publicación es simplemente un recopilatorio de la trayectoria del proyecto a lo largo de estos años, me voy a permitir la libertad de introduciros a la base de datos Genomic Data Commons Portal que viene a ser la plataforma desde la que poder acceder a los datos de TCGA.

Lo primero a destacar es que los datos se dividen en 2 niveles de seguridad diferentes: aquellos accesible a absolutamente todo el mundo y aquellos que requieren una aprobación para su uso. Curiosamente, una gran cantidad de datos son accesibles a todo el público sea o no científico. Así por ejemplo si introducimos en el buscador "TP53", posiblemente el gen más famoso asociado con el desarrollo del cáncer, podremos acceder de forma inmediata a una gran cantidad de datos: desde los tipos de tumores donde más frecuentemente se encuentra hasta las diferentes tipos de mutaciones que han sido observadas.

Si nos dedicamos a ir navegando y clicando por los diferentes enlaces veremos que podemos acceder a información sobre mutaciones concretas, acceder a proyectos particulares, incluso explorar información personalizada de pacientes concretos, todo público y accesible.

La información a la que podemos acceder es muy variada y no se limita exclusivamente a información sobre el genoma del tumor, también nos facilitan datos que nos permite estudiar otras facetas del tumor, por ejemplo:

  • Expresión de genes,algo que no se encuentra propiamente en el genoma.
  • Datos clínicos, tan importantes para entender como afectan distintos hábitos en el desarrollo del tumor, como por ejemplo si el paciente es o no fumador.
  • Composición cromosómica, ya hablamos en otro publicación como los cáncer varían mucho el número de cromosomas.
  • Datos epigenómicos, no lo explicaré aquí porque necesitaría un tema entero :)

Por supuesto todos estos datos son accesibles no solo desde un navegador web, lo que dificultaría enormemente poder acceder a sus numerosos petabytes de información, sino que también se puede acceder desde diferentes criterios de búsqueda y APIs desarrolladas específicamente para la plataforma. Cualquiera desde su ordenador personal podría impulsar toda una investigación sobre el cáncer si tuviera los conocimientos necesarios. Yo de hecho desarrollo gran parte de mi trabajo utilizando estos datos y desde un simple ordenador portátil.

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Apedreador

Yo tengo un paper que es auténtico cáncer, si lo quieres, avisa.

1 mes después
Ulmo

Esto ya se ha descontrolado totalmente en cuanto a fechas, pero sigo aportando nuevas publicaciones que considero interesantes. Esta vez es una revisión de varios estudios sobre ALL, un tipo de leucemia que se da principalmente en bebés/infantes y que todo parece apuntar a que tiene unas causas ciertamente sorprendentes.

Haciendo un poco de spoiler de lo que voy a explicar para aquellos más perezosos, han encontrado un patrón bastante repetitivo entre los enfermos de esta tipo de cáncer que consistiría en 3 fases:

  • Una primera fase embrionaria (aún en el vientre de la madre) en donde se adquieren algunas mutaciones que te hacen más susceptible al ALL
  • Una segunda fase donde el recién nacido puede empeorar su predisposición.
  • Una fase final en donde juega un papel fundamental un agente externo: como de expuesto ha estado en sus primeros meses de vida a las infecciones.

Sin más spoilers vamos a por ello:

25/05/2018

A causal mechanism for childhood acute lymphoblastic leukaemia

INTRODUCCIÓN

Un poco sobre la enfermedad. ALL son las siglas en inglés para Acute lymphoblastic leukaemia, una leucemia (tumor sanguíneo). Afecta de media a 1 de cada 2000 infantes, por lo que hablamos de un tipo de cáncer bastante común. La buena noticia es que pese a ser mortal, los avances médicos de los últimos años han permitido que sea curable en el 90% de casos. La siguiente figura muestra la incidencia del ALL infantil (el naranja)

LAS 2 PRIMERAS FASES DE DESARROLLO DE LA ENFERMEDAD

Aquí es cuando la cosa se empieza a poner interesante. A base de ir secuenciando y secuenciando más enfermos de ALL se han ido encontrando una serie de mutaciones en el genoma que se van repitiendo, las que normalmente llamamos "driver" y que son las responsables de provocar el tumor. Hasta aquí todo sería normal, un tumor con sus mutaciones recurrentes, si no fuera por una extraña circunstancia: algo extraño sucede con los gemelos.

Cuando el tumor se produce en 2 gemelos a la vez, han podido observar que estos comparten solo una parte de estas mutaciones relevantes en el desarrollo del tumor, mientras que otra parte de mutaciones se encuentran repartidas entre ambos pero no en los 2 a la vez. Si ni la madre ni el padre poseían dichas mutaciones, ¿cuando pudo suceder?

Bien, se da el caso que los gemelos en el feto pueden llegar a intercambiar su población de células sanguíneas a través del cordon y la placenta. Por lo tanto, si 1 de los 2 genera mutaciones que te hacen sensible a desarrollar la enfermedad, al final ambos quedarán afectados.

¿Y entonces las que se encuentran en solo 1 de los 2? Bien, si sabemos que las acumuladas durante el embarazo serán compartidos por ambos, todas aquellas específicas de solo 1 de los 2, habrán sido irremediablemente adquiridas una vez fueron separados al nacer. Lo curioso, es que ambas son importantes para el desarrollo del tumor, lo que diferencia entre 2 fases claras.

LA FASE FINAL

Sin duda, la más sorprendente de todas es la correlación que han encontrado para describir la fase final de predisposición a sufrir la enfermedad. Es bastante habitual que al estudiar tumores no solo nos fijemos en las mutaciones que acumula el genoma, sino en otros aspectos del paciente como edad, sexo, hábitos alimentarios, fumador o no, deporte, salud, etc. A base de analizar estos datos en estudios con bastantes enfermos de ALL han encontrado correlaciones que pueden guardar una relación entre sí:

  • En 1990 el UK Children's Cancer Study Group analizó 1.300 individuos enfermos y 6000 sanos y pudo constatar que aquellos que iban a la guardería antes de los 12 meses eran menos propensos a desarrollar la enfermedad.
  • Otra estudio en UK con 3.000 pacientes demostró que tener un hermano mayor te protegía también de desarrollar la enfermedad.
  • Estar vacunado contra la bacteria Haemophilus influenzae tipo B.
  • Haber nacido por cesárea aumenta el riesgo.
  • Dar el pecho los primeros 6 meses lo reducen el riesgo entre un 10% y un 20%.

La conclusión a la que llegan los estudios actuales, es que no han encontrado un único agente común a todas las observaciones anteriores, y el único punto de conexión es que todas ellas están relacionadas con la exposición del neonato a infecciones en general. O dicho de otra forma, si el neonato ha hecho trabajar su sistema inmune durante los primeros meses, esto le confiera una protección contra el desarrollo de este tipo de leucemia. Otra leucemias como AML o tumores cerebrales en bebés (también bastante comunes) han mostrado resultados negativos en todas estas correlaciones.

Resumen de como se acaba desarrollando la enfermedad:

OPINIÓN

Creo que es una descripción muy interesante de como nuestro cuerpo incluso antes de desarrollar la enfermedad ya empieza a adquirir modificaciones que le predisponen a ella. Además, representa un buen ejemplo de como interaccionan nuestro genoma y nuestro cuerpo con el entorno, y como de importante es el cuidar otros factores más allá de los meramente de salud.

La verdad es que muchos de los estudios que cita la publicación son estudios bastante exhaustivos realizados en miles de pacientes, no como otros que ya tratamos anteriormente que intentaban sacar conclusiones basándose en 5 o 10 pacientes. Esto da una idea de como de costoso resulta evidenciar este tipo de cosas, analizar y seguir la evolución de 3.000 individuos es una tarea costosa y tediosa.

Por ponerle un "pero", decir que la teoría de la infección en términos generales se obtiene por simple eliminación, lo que puede dejarla un tanto en el aire. El mismo artículo reconoce que tumores similares pueden originarse por culpa de virus en gallinas, gatos, ratones y vacas. No sería descartable que lo que ahora consideramos "infección en general", finalmente acabe convirtiéndose en un único virus/bacteria frecuenta en nuestro entorno que sea responsable del desarrollo final de la enfermedad aunque su incidencia pueda ser baja.

Ale, ya tenéis una publicación interesante a la que dedicarle unos minutos.

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pupete1arma

Trabajo en el proyecto Car-T y entiendo un poquillo de las cosas que posteas , me ha entretenido bastante echando un ojo , gracias por el tiempo que le has dedicado ^^

1 respuesta
vuvefox

Sigo leyéndote pero no tengo tiempo para postear dudas decentes. Me flipo mucho el post de TGCA ,un 10, me va a resultar hasta útil. Por mi sigue publicando!! Gracias

1 respuesta
Ulmo

#52 #53 Na tranquilos, se que a veces preguntar puede resultar engorroso, pero seguiré poniendo artículos que considere interesantes ni que sea poco a poco, es un ejercicio que a mi también me viene bien. Intento resumirlos muchísimo y simplificarlos para que el mayor número de personas puedan entenderlo pero a la vez sea interesante para aquellos con conocimientos en la materia. A veces lo haga fatal y otras veces quizás esté desvirtuando el auténtico mensaje de la publicación.

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